В феврале 2014 года заключено Соглашение о сотрудничестве между Правительством Магаданской области и Магаданской епархией.
Соглашение подписали епископ Магаданский и Синегорский Иоанн и губернатор Магаданской области Владимир Печеный.
Подобное соглашение заключено впервые в истории существования Магаданской епархии. Работа по его подготовке к подписанию была начата в связи с вступлением в должность нового главы территории – губернатора Магаданской области Владимира Печеного.
В апреле 2014 года заключено соглашение о сотрудничестве Магаданской епархии и Министерства образования и молодежной политики Магаданской области.
Документ, регламентирующий отношения епархии и государственного ведомства подписали Преосвященный владыка Иоанн и глава Министерства Анжела Шурхно.
В настоящее время, на основании заключенных ранее соглашений, осуществляется сотрудничество с:
- УМВД России по Магаданской области;
Архиепископ Магаданский и Синегорский Иоанн принимает участие в работе:
- Комиссии по вопросам религиозных объединений при губернаторе Магаданской области;
- Общественного совета при Управлении Федеральной службы судебных приставов по Магаданской области;
- Общественного совета при УФСИН России по Магаданской области;
- Антинаркотической комиссии по Магаданской области;
- Антинаркотической комиссии мэрии г. Магадана.
В настоящее время в Магаданской епархии действуют следующие общеепархиальные церковно-общественные организации:
- Информационно-издательский совет при Магаданской епархии;
- Магаданское региональное Общество православных врачей России имени Святителя Луки Исповедника, архиепископа Симферопольского;
- Магаданский городской благотворительный общественный православный фонд «ОТЧИЙ ДОМ»;
- Региональное общественное движение «Колыма-За Жизнь».